Das Werk von Hannes Hegen ist sehr vielseitig. Schon während seines Studiums zeichnete er Karikaturen für die Satire- und Karikaturzeitschrift Frischer Wind (später Eulenspiegel) und in der Neuen Berliner Illustrierten, aber auch in anderen Zeitschriften/Zeitungen wie der Berliner Zeitung, dem Sonntag, der Deutschen Lehrerzeitung, der Illustrierten Rundschau, der Wochenpost, der Neuen Deutschen Presse und der Zeitschrift Das Magazin. Er versah diese Karikaturen meist mit humorvollen und satirischen Texten. Die Karikaturen entstanden zwischen 1948 und 1955 und er signierte diese mit »johannes«, »joh«, »j«, »Johannes Hegenbarth« und später mit seinem künftigen Künstlernamen »Hannes Hegen«.

Ab 1955 widmete er sich dem Comic und schuf die Kobolde Dig, Dag und Digedag, welche als die Digedags in den folgenden zwanzig Jahren in den unterschiedlichsten Zeitebenen ihre Abenteuer bestritten. Die 223 Ausgaben lieferte Hannes Hegen monatlich zuverlässig an die Druckerei. Er führte ein Team von Künstlerkollegen und -kolleginnen in seinem Atelier in Berlin Karlshorst durch politisch bewegte Zeiten in der DDR. Manchen war der Comic ein Dorn im Auge, welcher in staatseigenen Verlagen publiziert wurde. Immer wieder gelang es Hannes Hegen ideologische Vorgaben zu umschiffen und diesen aus dem Weg zu gehen.

Seit den 1950er Jahren entstand ein Werk auf Papier in Grafit und Aquarell/Farbe neben dem Comic, welches Hannes Hegen in erster Linie als fortwährendes Studium betrieb. Als passionierter Theaterbesucher entstanden Skizzen im Theater, des weiteren Aktstudien, der Mensch im Alltag sowie Stadtansichten. Nach dem Comic, ab Mitte der 1970er Jahre, wurde das freie Zeichnen und malerische Schaffen intensiviert. Es entstanden Folgen zum Spreewald, zum historischen Dresden und Entwürfe zu Folgen von Stralsund, Potsdam, zum historischen Berlin sowie historischen Persönlichkeiten. Seine Frau Edith Hegenbarth, begleitete er an Filmsets von Historienfilmen und hielt diese Szenen fest. In den 1980er und 1990er Jahren fokussierte er sich auf Stadtansichten. Vor allem von Berlin entstanden zahlreiche Blätter in Grafit und Aquarell/Farbe.

Für die Abbildungen der Digedags © TESSLOFF VERLAG, Nürnberg